Le CLEJUPS a été créé sous l'impulsion de Ceprosoc et de Cordaid-Bas après une formation des jeunes comme leaders des jeunes (Pairs Educateurs) sur la lutte contre le sida organisée au Cordaid Bas le 13 et le 14 février 2006 sous la facilitation de Dr CARLOS chef de mission de Cordaid de l'époque dans le cadre du programme intégral de lutte contre le sida de 2005 à 2007. En vue de pérenniser ce projet de Cordaid et ses partenaires, il a été demandé aux jeunes participants de créer des clubs de jeunes dans leurs communautés qui devraient bénéficier de l'accompagnement de Cordaid etCeprosoc. Le Clejups est l'un de ces Clubs de jeunes qui a été mis en place d'abord sous la dénomination "Club des pairs-éducateurs contre le SIDA" en sigle "CPES" avant sa mutation en CLEJUPS/Asbl.